Școala Latină
Când pe tronul Moldovei se afla Ioan Iacob Eraclid Despotul (1561-1563), se înființează la Cotnari, în inima târgului, "Schola Latina", fapt ce atestă importanța deosebită a localității în acea perioadă. Aceasta a fost condusă de cărturar Johann Sommer, venit din Saxonia, având studii la Universitatea Frankfurt pe Oder.
"Schola Latina" din Cotnari, asociată cu biblioteca de curte și proiectul de academie reprezintă prima încercare de pătrundere a Umanismului european. Totodată, se punea accent pe învățământul religios, elevii studiau istorie biblică, catehism, mergeau zilnic la biserică pentru a asculta slujba religioasă și predica. Totuși, copiii învățau și noțiuni de: matematică, astronomie, fizică, geografie.

În aceea vreme, în zona Cotnariului, mulți protestanți și Despot-Voda își doreau să răspândească protestantismul în Moldova prin intermediul educației oferite în cadrul Școlii Latine. Însă, la școală veneau și copii de boieri și răzeși, cărora Despot își dorea să le schimbe credința ortodoxă, fapt ce explică reacția boierilor și a clerului ortodox, care a dus în cele din urmă la finalul tragic al lui Despot. După moartă lui Despot-Vodă, școala a fost dărâmată, cărțile au fost arse și dascălul Sommer abia a scăpat cu viață.
În cele din urmă, a mai existat o școală la Cotnari, mai precis una de gramatică, de curs inferior cu 2-3 clase. Pe vremea lui Vasile Lupu (1634-1653), după cum spunea Ana Gugiuman, funcționau " școlile de limbă latină la Iași și la Cotnari, poate pe locul vechiului colegiu protestant (1562-1563) a lui Despot-Vodă."